GTEx联合TCGA数据库挖掘

适用人群

生物信息学学员，高校生物、计算机相关专业教师、学生，医学科研人员，医院从业人员，生物专业相关从业人员

课程概述

课程内容：GTEx数据简介，GTEx和TCGA数据下载，GTEx数据库ID转换，统计各个器官表达量，解剖图绘制，箱体图绘制，提取GTEx对应组织表达，TCGA数据库分组，TCGA数据库ID转换，GTEx和TCGA数据合并，差异基因表达，热图绘制，生存分析输入文件准备，基因名字转换为基因ID，GO富集分析，GO圈图绘制，KEGG富集分析，KEGG圈图绘制。
本课程是生物信息学专业课程，需要用到一些专业术语，遇到不明白的可以提问或者直接检索。

GTEx（Genotype-Tissue Expression，基因型-组织表达）数据库，研究从来自449名生前健康的人类捐献者的7000多份尸检样本，涵盖44个组织（42种不同的组织类型），包括31个实体器官组织、10个闹分区、全血、2个来自捐献者血液和皮肤的细胞系，作者利用这些样本研究基因表达在不同组织和个体中有何差异。
GTEx对几乎所有转录基因的基因表达模式进行了观察，从而能够确定基因组中影响基因表达的特定区域。


 

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