您现在的位置是：课程
nanopore宏基因组测序数据分析
2023-12-05 20:00课程 人已围观
一、宏基因组简介
宏基因组简介
当前宏基因组取得成就
扩增子与宏基因组测序比较
宏基因组测序技术难点
纳米孔测序技术介绍
纳米孔测序在宏基因组研究中的应用
二、纳米孔测序原理
选择合适的纳米孔
纳米孔测序原理
不同测序平台比较
纳米孔测序错误问题
三、熟悉Linux系统
登录Linux系统
传输文件
Linux基本操作
目录结构
编写脚本
四、利用bioconda管理生物软件
安装bioconda
纳米孔测序分析软件安装
宏基因组分析软件安装
五、配置数据库
nt/nr库
物种分类数据库
refseq数据库
下载练习数据
六、纳米孔数据处理
fast5文件格式
利用guppy进行basecalling
拆分barcode
fastq文件格式
利用nanopplot进行数据质控
利用filtlong进行数据过滤
七、物种分类鉴定
物种分类原理
几种分类算法的比较
利用centrifuge进行物种分类
建立索引
结果解读
结果过滤
可视化Pavian
八、新冠病毒样本检测
新冠病毒宏基因组测序检测
九、临床样本检测
文章介绍
详细解读
去除宿主
富集目标序列
生物信息方法过滤宿主
临床样本鉴定
十、饱和度评估
饱和度评估
批量处理多个样品鉴定
十一、megan结果可视化
megan简介
合并多样本结果
准备输入文件
数据可视化
十二、stamp分组比较
stamp简介
spf文件
准备输入文件
两组比较
多组比较
结果可视化
十三、纳米孔宏基因组拼接
宏基因组拼接原理
为什么宏基因组拼接这么难？
需要测序多少数据？
利用metaFlye拼接宏基因组
组装结果优化原理
medaka组装结果纠错
pilon组装结果纠错
racon组装结果纠错
从宏基因组中拼接中得到细菌完成图
下一篇：ArcGIS基础应用
