| TCGA&GEO高通量数据挖掘分析实操强化培训课 |
| 时间安排 |
课程表 |
介绍 |
| 第一天夜间 |
19:00-20:30 |
生信简介 |
生物信息介绍 |
| 高通量：测序及芯片介绍——不同组学：转录组学、基因组学、表观组学、顺反组学、宏基因组学等。 |
| 经典生信SCI文章的解读，了解TCGA数据库、GEO 数据库这些公共数据的挖掘获得创新结论并发文章的思路。 |
| 20:30-20:45 |
休息 |
| 20:45-22:00 |
TCGA数据库
NCBI GEO数据库
|
TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介) |
| TCGA数据库的介绍和使用（包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据） |
| GEO数据库介绍： 数据量最大的高通量公共数据库。 |
| GEO数据库的高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。 |
| |
| 第二天上午 |
8:30-10:00 |
R语言学习 |
R软件与Rstudio软件下载、安装、界面。
R语言基础：元素、向量、矩阵、数组
R语言函数：计算函数、统计函数等
R语言路径确认及修改
R语言文件（图、表）的导入和导出 |
| 10:00-10:20 |
休息 |
| 10:20-12:00 |
R语言学习 |
R语言包：包的下载安装
R语言：差异分析limma包使用、火山图制作 |
| |
12:00-13:30 |
午餐及午休 |
| 第二天下午 |
13:30-15:00 |
TCGA相关的下载工具 |
TCGA数据库癌症数据下载：RNA-seq数据、miRNA-seq数据、甲基化数据、基因组数据及临床信息数据的下载
TCGA数据书库癌症数据的处理，获得关键mRNA、miRNA的表达谱矩阵。 |
| 15:00-15:20 |
休息 |
| 15:20-17:30 |
TCGA相关的分析工具 |
TCGA数据分析——突变分析、差异分析、关联分析、生存分析、miRNA调控靶基因分析等。
Cbioportal数据库学习
R语言做生存曲线KM图（批量） |
| |
17:30-19:00 |
晚餐 |
| 第二天夜间 |
19:00-22:00
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数据的后续高级分析工具实战 |
DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析 |
| 通路map图构建 |
聚类热图制作
R语言pheatmap包做聚类热图 |
| 蛋白与蛋白互作分析（PPI）——STRING数据库 |
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| 第三天全天 |
8:30-12:00 |
数据的后续高级分析工具实战 |
cytoscape软件（上）：网络图构建与美化 |
| cytoscape软件（下）：插件使用 |
| GSEA软件的实操：全基因集富集分析 |
| 12:00-13:30 |
午餐及午休 |
| 13:30-16:00 |
思路讨论 |
基于GEO数据库多套数据整合（meta）分析思路演练 |
| 基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练 |
| 基于TCGA的甲基化与转录组整合分析思路演练 |
| 基于TCGA的基因组与转录组整合分析思路演练 |
| 串讲 |
思路大串讲 |
| 备注：讲师使用windows10系统讲解，建议携带同样系统的电脑 |
| 上课软件为：Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio |
通过本次课程，您可以学会以下作图（包括但不限于）：
示例图 通路富集分析结果图
示例图 聚类热图分析
示例图 网络图
示例图 pathway map图
示例图 关键基因的KM生存曲线图
示例图 柱状图与venn图
示例图关键基因的KM生存曲线图
示例图 venn图
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《TCGA&GEO高通量数据挖掘分析实操强化专题培训》
”临床医生听得懂、学得会，科研人员亦有收获“
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