多组学数据整合挖掘与分析、疾病靶标基因、高通量测序

课程安排： 日期 时间 大纲 详细内容 第一天晚上 19:00-21:00 第1节：组学简介及生信概述 国自然中组学相关项目解读 组学原始数据的来源及质量判断 高通量：测序及芯片介绍——不同组学：转录组学、基因组学、表观组学、顺反组学、宏基因组学等。 文献案例解读 21:00-22:00 第2节：软件安装
R包安装 R简介及R包安装
R基础讲解
R函数
R包   第二天及晚上 8:30- 10:30 第3节：组学公共数据库 TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介)及数据下载 GEO数据库的高通量数据查找、筛选、数据下载 EBI数据库的高通量数据查找、筛选、数据下载 GEO2R工具使用 10:30-10:45 休息 10:45-12:00
  第4节：转录组差异基因筛选及功能富集分析 计算差异基因 -R limma包 或Excel公式 主成分分析（PCA)图制作 聚类热图（heatmap）的制作——R pheatmap包 火山图（volcanoPlot）——R ggplot2包 或 Excel制作 箱式图（代码 或无代码制作） R clusterProfiler包富集分析 基因/蛋白功能富集分析——DAVID工具 功能富集分析 柱状图、条形图、气泡图、饼状图的R代码及Excel制作 12:00-13:30 午餐及午休 13:30-17:30 第5节：多组学数据与临床预后分析 基因突变分析工具——cbioportal 在线预后分析工具——Ualcan 本地生成KM曲线图——R survival包 相关性分析及散点图制作 17:30-19:00 晚餐 19:00-22:00 第6节：转录组与蛋白组整合分析 Venn 图制作 蛋白与蛋白互作关系预测——STRING工具 网络图构建与美化——cytoscape软件 转录组与蛋白组整合关联分析思路文章实现   第三天 8:30-10:00 第7节：蛋白组与代谢组整合分析 代谢物功能富集分析——metaboanalyst工具 KEGG 数据库介绍及使用 pathway map制作 蛋白组与代谢组整合分析思路文章实现 10:00-10:15 休息 10:15-12:00 第8节：全转录组整合分析 各类RNA简介及ceRNA介绍 miRNA测序报告解读 circRNA测序报告解读 miRNA分析工具 lncRNA分析工具 12:00-13:30 午餐及午休 13:30-15:30 第9节：其他组学整合思路 肠道菌群宏基因组与代谢组 表观组与转录组整合 15:30-15:45 休息 15:45-16:00 总结 总结及答疑

培训预期：
通过三天的学习，了解多组学整合分析思路对项目及文章的帮助，以及实操常见的数据库、在线工具和本地软件。使得学员可以自己完成一个完整的分析报告并获得疾病相关的靶标基因。

讲师介绍：
宋伟博士
成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。
培训经历：在上海、北京、广州、沈阳、南京等城市举办过几十场培训班。

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