零基础网络药理学实操

课程目录：
第一章 网络药理学基础概念及应用情况
网路药理学发展进程、研究热度、一般研究思路、一般研究步骤、在中医药领域中的应用及其存在问题

第二章 构建中药-成分-靶点-通路网络
1.    化学成分收集和活性成分筛选
常见中医药数据库TCMSP、BATMAN-TCM、ETCM、HERB介绍；
成分筛选实操
2.    靶点预测
实验方法（生化测试法、基因组等）、计算方法（基于配体结构预测方法）介绍
靶点预测数据库SEA、PubChem、SwissTargetPrediction、Pharmmapper、BATMAN-TCM 介绍 
靶点预测实操
3.    疾病相关基因收集
常见人类疾病数据库OMIM、DisGeNET、Gene of NCBI、CTD、PharmGKB介绍
抑郁症相关基因实操
4.    交集靶点及PPI（ protein protein interaction network）网络
候选靶点是什么
韦恩图制作系统：Draw Venn Diagram、Venny介绍   
韦恩图实操：以Draw Venn Diagram、Venny为例
PPI构建：String数据库和Cytoscape
5.    核心靶点筛选
度值、Network analysis、BisoGenet/CytoNCA、 cytoHubba介绍
PPI构建和核心靶点筛选实操
6.    GO和KEGG信号通路分析（包含R语言和clusterProfiler安装及使用）
GO分析介绍
GO分析方法：在线数据库（DAVID数据库、metascape）和clusterProfiler（R语言包）
clusterProfiler（R语言包）：R语言下载安装、R语言包下载安装、clusterProfiler安装
GO分析实操：分别以DAVID数据库、metascape进行实操  
信号通路富集分析：KEGG（DAVID、Metascape、clusterProfiler等免费工具）和Reactome各自特点介绍
信号通路富集分析实操：分别以DAVID、Metascape、Reactome和clusterProfiler为例进行实操
7.    中药-成分-靶点-通路网络构建
中药-成分-靶点-通路网络构建实操

第三章 分子对接
1.    软件准备
Openbabel、 pymol、Autodock、Autodock vina下载安装
2.    小分子预处理
空间结构下载：ZINC/PubChem/TCMSP下载平台简介
格式转换：小分子转为PDB格式
Autodock处理
3.    蛋白质预处理
空间构象下载：RSCB数据库
pymol前处理
Autodock 处理
4.    分子对接
结合位点和口袋确定
Autodock vina分子对接
5.    结果查看和分析
分子对接结果与蛋白结构导入
查看分子对接情况
分析分子对接结果
图片的输出
 

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