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GROMACS专题三：质心牵引（伞形采样）
2023-06-13 21:03课程 人已围观
【版本】
gromacs v5.1.2
【课程目录】
第一节：对目标结构进行预处理
第二节：进行质心牵引模拟
第三节：伞形采样计算PMF，得出结合自由能
质心牵引能做什么？
【 计算结合自由能】
结合能(ΔG bind)可由一系列伞形采样模拟得到的平均力势(PMF, potential of mean force)导出. 在这个过程中会创建一系列初始构型, 每个构型与一个位置相对应, 其中待研究分子(通常称为”配体”)处于简谐势限制下, 与参考分子质量中心(COM)之间的距离借助伞形偏离势而逐渐增加. 这种限制可以使配体对构型空间中指定的区域进行采样, 采样沿它和参考分子或者结合部分之间的反应坐标进行. 为了能正确地重建PMF曲线, 采样窗口必须使配体位置有适当的重叠。
【 对目标分子进行牵引（拉伸动力学）】
可以对目标分子在某个方向上施加一个力（比如进行撞击实验等等），让分子沿着某个方向一直运动。从而计算在这运动过程中体系的围观性质。
比如可以对金属条进行拉伸，研究其拉伸过程的微观动力学变化
【适用人群】
1、GROMACS零基础
2、具备一定经验者
3、GROMACS爱好者
4、毕业设计需要
【咨询】
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